Taip pat svarbu žinoti, kokį poveikį žmogaus sveikatai ir aplinkai daro genetiškai modifikuoti organizmai bei kokią riziką jie kelia, naudojami kūrėjų numatytu būdu. Genetiškai modifikuotų organizmų poveikis žmonių sveikatai gali pasireikšti daugeliu neigiamų aspektų:

           * Patys genetiškai modifikuoti mikroorganizmai, augalai ir gyvūnai gali neturėti neigiamo poveikio sveikatai, tačiau jų metabolitinių produktų ar/ir negyvybingų genetiškai modifikuotų organizmų poveikis gali būti toksiškas ar alerginis, pasireikšti po kontakto su genetiškai modifikuotais organizmais praėjus tam tikram laikotarpiui;

          * Modifikuoti organizmai, skirtingai nei pats donoras, recipientas ar motininis organizmas, gali būti patogeniški žmonėms, kurie turi imunitetą jau natūraliai egzistuojantiems organizmams, gali sukelti naujas ar/ir perduoti egzistuojančias ligas, lengvai plisti ir keisti šeimininkus, būti atsparūs antibiotikams ir perduoti šias patogenines savybes natūralioms donorų, recipientų ir motininių organizmų formoms, tuo pačiu pakeisdami nusistovėjusią natūralią bioįvairovę.

         * Po išleidimo į aplinką gali įvykti selekcija, sąlygojanti netikėtų ir/ar nepageidautinų bruožų pasireiškimą modifikuotuose organizmuose, biologinių pasklidimo kelių pakitimą, per didelį populiacijos padidėjimą aplinkoje, konkurencinį pranašumą (palyginus su nepakeistais recipientais ar motininiu organizmu/organizmais), įtakos pakitimą įvairiuose populiacijų lygiuose (konkurentų, aukų, simbiontų, priešų, parazitų ir patogenų).